Nel cuore del vasto ed armonioso Convento s’innalza la Chiesa edificata nel secolo XV e dedicata a san Francesco d’Assisi.
Dell’antico edificio oggi rimane la bella e solenne abside gotica; il resto del tempio, invece, è frutto del rimaneggiamento avvenuto nella seconda metà del 1800. La Chiesa ingloba, nel fianco sinistro, l’Oratorio cinquecentesco innalzato dall’architetto perugino Orazio Alessi e dedicato alla Vergine Immacolata.
Ricca un tempo di opere d’arte del Perugino, de Lo Spagna e di altri pittori, ne venne spogliata con la requisizione dei beni ecclesiastici avvenuta nel 1800. Tuttavia, custodisce affreschi del secolo XVI e numerose pale d’altare dei secoli successivi. Nella parete destra, splende il trittico del “Transito di san Francesco”, che il grande maestro perugino Gerardo Dottoridipinse nel 1923 e poi donò ai frati del Convento nel 1971.
Accanto alla Chiesa c’è il quattrocentesco chiostro detto di San Bernardino; nel piano alto si può visitare, accompagnati da un frate, l’antico convento, nel cui piccolo corridoio si affacciano le povere e disadorne celle un tempo abitate dai frati.
Attraversando i Chiostri, si raggiunge l’”Oratorio del Beato Egidio”, sorto sull’antico romitorio in cui abitò lo stesso Beato per oltre trent’anni e in cui morì il 23 aprile del 1262. Nella parete, su un antico dipinto della Crocifissione è la scarna e penitente immagine di Egidio, dallo sguardo fiammeggiante.
